如何在提交期刊论文时回复同行评议意见
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你一直在等待的杂志编辑终于写信说你提交的研究论文不能以现在的形式发表，且信中包括了一长串同行审稿人的评论，这些评论详细说明了他们发现的所有问题并要求比你预想的要多得多的修改，此时你确实很难把这个消息看作是积极的。然而，考虑到期刊编辑每天明确拒绝的数量，以及在没有修改要求的情况下接受稿件的罕见性，你收到的回信已经是一个好消息——确实是一个非常好的消息。在这一阶段，你的主要目标是尽一切可能在修改和重新提交论文时解决这些同行审稿人的关注。在这一过程中，最重要的方面之一是以明确、详细和专业的方式答复审稿人的意见和建议。
首先，在你起草答复之前，有必要准确地理解每一条评论或建议意味着什么、什么是你被要求考虑或修改的以及你将如何处理这个问题。因此，当你仍然不确定审稿人的意思或如何进行修改时，必须仔细、反复、紧密围绕稿件来阅读你收到的反馈，并寻求导师和同事的批判性帮助。你可能想先起草你的答复，作为修改稿件过程的一部分，或者先修改稿件，然后在答复函中描述你所做的事情。无论哪种方式，你的回复函最好是一边写、一边读和一边修改，尽可能多的注意与稿件相关的内容，格式和措辞。记住，你的答复函（的质量）会对你的稿件是否最终被录用产生巨大的影响。
清晰是绝对重要的，所以根据标题和编辑指定的识别号(manucript number)来识别你的手稿。优先考虑提供必要的详细信息，而不是考虑降低答复函的长度。虽然如此，对于审稿者或编辑提供的每条评论，还是尽可能简洁地回复。如果你有幸只收到很少的评论意见，你可以在一个段落中解释你是如何处理这些意见的，但是在大多数情况下，一个更结构化的方法将更有效。一个很好的策略是将每一条评论分别复制到你的信中，在每条意见的下面加上你的回复，最后解释你是如何解决问题的。有些作者使用不同的字体和颜色区分评论者的意见和作者的回应以及所做的修改，但要记住字体和颜色在提交表格和其他在线交流中（可能）会丢失。显然，将每个条答复分别标记为“意见”(comment)、“回复”(response)或“修改”(change)是最可靠的方法。对每条意见进行编号也会有帮助，无论你的审稿者是否这样做，并清楚地表明你的答复是针对哪位审稿人。 以下是答复一条意见的建议格式:
正如这个简短的回答所表明的，在准确地解释你为解决问题和解决审稿人的意见所做的工作时，应恰当使用专业级别的感激词和客观的同行语气。即使你不认为一个建议会真正改善论文或它与期刊指南相关，明智的做法是依然做一些改动，特别是小的改动，以显示对审稿人的想法和关注的尊重和考虑。当你尽一切努力清楚地报告你的研究却依然令人失望地出现了误解，这往往表明你的解释或陈述存在可以进一步澄清的地方。无论是什么让杂志编辑挑选的专家来评论你的作品，都可能会让至少一部分杂志的读者感到困惑，因此，将此类（带有误解的）评论视为提炼意义和风格的机会，是一项卓有成效的策略。
只有当你不同意一条建议或批评——因为实施这些修改将对论文有害，或进行必要的研究将是不可能的，或这件事确实超出了你的研究范围——你才不应该做任何修改。然而，接下来，你需要解释为什么不能那样修改，你的解释必须是合理的，这些解释可以基于你的研究和其他学者或科学家的研究，这些解释还需要以感激和客观的语气呈现。试着从积极的角度开始每一个回应，然后按照“这是一个极好的观察，然而……一些决定和解释会比其他的困难得多”的思路，转向更困难的问题。处理审稿人对某一特定问题的意见可能特别棘手，要求你决定哪种方法对你的工作最好，争辩你的观点时要权衡逻辑和礼貌，在某些情况下找到妥协点，如果必要的话，征求给你发决定信(decision letter)的编辑的意见和帮助。
总结：对一篇提交期刊发表的论文的同行评议做出良好的回应，是一种成熟的学术和知识外交礼仪行为。这篇文章提供了很好的建议，将帮助你制定一个专业和有效的回复你的评论者。